Você pode usar xrandr para configurar as telas diretamente após o login, colocando um script com os parâmetros corretos na pasta de início automático do gerenciador de janelas ou colocando o comando xrandr diretamente em ~/.xsession , por exemplo, (com LVDS e VGA sendo os nomes das suas respectivas telas):
xrandr --output LVDS --size 1024x768 --output VGA --size 1024x768 --right-of LVDS
O xrandr -manpage mostra alguns bons exemplos de como formular um layout específico para um ou dois monitores.
Você pode usar xrandr --query para listar a configuração atual de suas telas e, em seguida, usar essa saída para definir os atributos para o comando xrandr .
Se você colocar o comando xrandr em ~/.xsession , ele deverá ser executado em segundo plano (basta adicionar & no final da linha).