Isso pode ser feito com o parâmetro -path.
find . -path dir -prune -o -name user -type d -exec chmod -R 755 {} \;
Se você deseja ignorar vários diretórios, você pode fazer isso.
find . \( -path dir1 -o -path dir2 -o -path dir3 \) -prune -o -name user -type d -exec chmod -R 755 {} \;