Tente isso
awk '
NR==1 {
print;
next;
}
NR==FNR {
split($2,a,",");
for(i in a) b[a[i]] = b[a[i]]==""? $1 : b[a[i]] "," $1;
next;
}
{
if ($1 in b) print $1 "\t" b[$1];
}
' File1 File2
Se você não tem / precisa da linha de cabeçalho, você pode simplificar descartando o primeiro par regra / ação.