Eles são coisas completamente diferentes, embora, nesse caso, possam ser usados para propósitos semelhantes.
Isto:
alias appl="/Applications/path/to/bin/appl"
cria um alias, para que digitar appl
na linha de comando seja equivalente a digitar /Applications/path/to/bin/appl
.
ln -s
, por outro lado, cria um link simbólico no sistema de arquivos. Um link simbólico é uma referência a outro arquivo e, para a maioria das finalidades, pode ser tratado como se fosse o próprio arquivo. Ele se aplica a qualquer coisa que o acesse, não apenas ao shell, ele é imediatamente visível para todos os processos em execução no sistema e persiste até ser removido. (Um link simbólico é implementado como um pequeno arquivo especial contendo o nome do arquivo de destino.)