A correspondência de expressão regular /^(.*) - (.*) - (.*) part([0-9]+)/ inclui o nome, o indicador de episódio, o título e o número da peça nos grupos que você pode usar como $1 a $4 no texto de substituição.
rename 's/^(.*) - (.*) - (.*) part([0-9]+)/$1 - $2.$4 - $3/' *
Qualquer coisa depois da parte part1 , como uma extensão de arquivo, não é alterada.
Se você quiser modificar os grupos de captura, use o modificador e no final da expressão s/…/…/ . Em s/REGEX/REPLACEMENT/e , a parte REPLACEMENT é uma expressão Perl, não uma string com interpolação variável. Em uma expressão Perl, use o operador . para concatenar cadeias. Por exemplo, se você quiser subtrair 1 do número de peça:
rename 's/^(.*) - (.*) - (.*) part([0-9]+)/"$1 - $2." . ($4-1) . " - $3"/e' *