Você pode definir
sudo chmod +x /usr/bin/*
É um pouco estranho que os arquivos em bin
não sejam executáveis por padrão.
Por exemplo, no meu Ubuntu:
$ ls -la /usr/bin/
...
rwxr-xr-x 1 root root 14768 апр 15 01:19 zdump
-rwxr-xr-x 1 root root 10384 янв 31 02:14 zeisstopnm
-rwxr-xr-x 1 root root 206000 фев 24 17:31 zeitgeist-daemon
-rwxr-xr-x 1 root root 131760 фев 24 17:31 zeitgeist-datahub
-rwxr-xr-x 1 root root 105752 фев 16 18:30 zenity
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