Bem, você poderia fazer isso em awk
:
BEGIN { FS="," }
{
date=$NF
id=$(NF-1)
sub(/^ */, "", $1)
sub(/"?\[/, "", $1)
sub(/\]"?/, "", $(NF-2))
ref = $1
for (i=2; i < NF-1; i++) {
ref = ref ":''," $(i)
}
if (!ref) { ref = "''" }
print "update table set cross_refs={" ref ":''} where id='" id "' and effective_date = '" date "';\
"
}