Será difícil, pelo menos, fazer um backup adequado em FTP.
Tente conectar-se com o SSH e, em seguida, você pode executar
tar -zcvf backup.tar.gz /
Então você pode baixar o seu arquivo do servidor usando o FTP, se quiser.
Aviso: certifique-se de ter espaço suficiente no disco para o backup inteiro antes, ou você pode descobrir sua unidade de sistema cheia!