Este comando ls /lib/modules/$(uname -r)/kernel/fs
lista apenas os nomes do kernel do sistema de arquivos modules do seu kernel atualmente em execução. Se o seu kernel foi compilado com o suporte a build-in ext4, então não há um módulo de kernel ext necessário, então ele não será mostrado no comando ls. Como o @Jeff Schaller disse, é provável que seja o seu caso (também porque o Ubuntu geralmente envia esses kernels). Por exemplo, em um Ubuntu 14.04 LTS, você pode fazer isso para verificar:
grep CONFIG_EXT4_FS= /boot/config-$(uname -r)
Isso provavelmente resultará em CONFIG_EXT4_FS=y