Primeiro, seu problema com a atualização parece ser comum para o kali (por Google), tente esperar um pouco ou seguir estas instruções: .
Quanto ao Mongodb 'apt-get' está tentando instalar um pacote debian. Ele fará o seu melhor, já que ambos são sistemas apt-get e é possível que ele funcione se você tiver realmente sorte, mas não é uma boa idéia, já que você estaria misturando distros e bagunçar completamente o seu kali se o debian 9 tivesse mexido com arquivos que eram dependências de coisas que você já tinha instalado e ele poderia simplesmente falhar se você já tivesse versões mais novas das dependências.
Em vez disso, crie o mongodb a partir da fonte: link
preste atenção se você tem um linux de 64 bits ou 32 bits. Além disso, preste atenção, eles dão exemplos de comandos, mas as versões do mongodb que eles referenciam não são atuais. Por exemplo, para o Linux de 64 bits, você quer que o comando na etapa um diga (a partir da data desta postagem): curl -O https://fastdl.mongodb.org/linux/mongodb-linux-x86_64-3.2.0.tgz
not ...-3.0.8.tgz
Além disso, você pode querer rever um guia básico para construir a partir de fontes como esta, embora seja para o Ubuntu, é o mesmo processo: link