Quando você está executando o depmod, ele apenas calcula as dependências e cria modules.dep para o kernel em execução como comportamento padrão a menos que você forneça uma versão alternativa do kernel como argumento.
No seu caso, desde que você está inicializando com a versão 2.6.32-5-amd64, você precisa executar:
$sudo depmod -a 3.2.0-4-amd64
para que ele crie o arquivo /lib/modules/3.2.0-4-amd64/modules.dep
De: link
O depmod gera uma lista de dependências do módulo do kernel e arquivos de mapas associados.
depmod [-b basedir] [-e] [-E Module.symvers] [-F System.map] [-n] [-v] [-A] [-P prefixo] [-w] [versão]