Você não pode. Pelo menos não é fácil.
O Windows possui seu próprio "shell" - e usa arquivos "batch", que são distintos do bash.
O Windows usa .exe arquivos, enquanto o Linux usa .elf .
Isso dificulta a instalação do seu software. Existem algumas soluções - você poderia usar algumas ferramentas de plataforma cruzada, como Java, que verificarão em qual SO ele está sendo executado e aplicará determinados scripts - mas isso requer que você instale o Java, se ele não estiver lá, e voltemos novamente para a instalação. questão... Você também pode usar o navegador da Web para saber em que SO ele é executado (se estiver instalando a partir da página da Web); A maneira mais fácil - e mais sensata também, imho - é perguntar ao usuário pelo sistema operacional / dar a ele o pacote adequado, dependendo do sistema operacional. É difícil o suficiente para empacotar adequadamente o programa que deveria ser executado em todas as distribuições Linux.