Eu tive alguns problemas para instalar um sistema de inicialização dupla no meu laptop. Eu usei Boot-Repair e agora ambos os sistemas (Windows 10 e Kali Linux 2.0) estão aparecendo no Grub.
Meu problema é que, sempre que eu inicio o Linux, ele apenas inicia um terminal. Eu tentei verificar se o ambiente de desktop ainda está instalado, mas acabei de receber:
W: Not using locking for read only lock file /var/lib/dpkg/lock
E: Unable to write to /var/cache/apt
E: The package lists or status file could not be parsed or opened.
Parece que a instalação do kali não foi concluída. Você pode corrigir o problema executando apt-get update primeiro e, em seguida, instalando o gnome-shell como estava tentando; no entanto, se os pacotes não foram instalados corretamente, há uma boa chance de que muitas outras coisas também falharam, deixando-o com um sistema mal funcional, mesmo que você consiga resolver esse problema.
Sugiro que, em vez de tentar corrigir a instalação interrompida, você faça a instalação novamente.