O que muda depende de como algo é copiado.
Sempre muda
Inode - Isto mapeia os dados para uma localização física no disco, obviamente para copiar algo que você está criando um novo arquivo em outro lugar, então o inode será diferente.
Usando cp -p
Propriedade / Grupo - O usuário atual será o proprietário do arquivo (a menos que esteja executando como root / sudo, depois copie para reter o proprietário original). O grupo será o grupo padrão do usuário, a menos que seja membro do grupo atualmente definido (a menos que esteja executando como root / sudo, e depois copie retém o grupo original).
Usando cp
Propriedade - A cópia será de propriedade do usuário atual e do grupo padrão de usuários
Modify Time - O tempo de modificação será definido quando você copiou o arquivo
não muda
Permissões - em que os modos para proprietário / grupo / todos permaneceriam os mesmos, mas se o proprietário e o grupo mudarem, as permissões efetivas serão diferentes.
Eu acho que isso cobre tudo, mas honestamente, a melhor opção é fazer um chmod depois do seu CP, se precisar garantir certas permissões.