It seems that most Java server machines use Red Hat
Isso pode ser verdade (eu não sei), embora provavelmente seja outra razão que não seja isso fornece alguma vantagem em relação ao java. Redhat é um servidor de produção popular porque (por uma taxa) vem com suporte comercial da Redhat. Isso alivia as pessoas de ter que pagar sua própria equipe de suporte, empreiteiros, etc.
O Java tem o objetivo de ser portátil e, na medida em que o sistema de estilo POSIX possui peculiaridades, ele os mantém em comum e todos os sistemas GNU / Linux são os mesmos nesse sentido. Eles também usam mais ou menos o mesmo kernel, então não há alguma integração especial acontecendo lá.