A solução que você propõe seria uma maneira realmente frágil de lidar com o correio. Mesmo que você consiga encontrar uma maneira de forçar o Postfix a atrasar as mensagens antes de processá-las, e encontre uma maneira de fazer com que leia novamente os arquivos da fila para pegar suas modificações, acho que você encontrará muitos outros problemas e desafios de confiabilidade com essa abordagem. Eu realmente tenho que recomendar que você não tente fazer isso.
Eu não sei o que você está fazendo que de alguma forma permite que você modifique a primeira palavra do corpo, mas nada mais (soa estranho), mas você deve definitivamente perseverar na sua abordagem para conectar-se ao Postfix para modificar o corpo da mensagem de forma compatível.
Um milter deve ser uma maneira simples de modificar um corpo de mensagem. Você já tentou usar ou escrever um desses? Você pode escrever milters em muitas linguagens diferentes, como C e Python.
Lembre-se de que modificar os corpos das mensagens em um MTA levará a todos os tipos de problemas, como a invalidação de assinaturas PGP e DKIM, etc ...