Para empacotar aplicativos como pacotes Debian para uso pessoal, eu preciso saber quais são suas dependências.
O comando auto-apt instala as dependências de um script ./configure automaticamente. aut-apt tem uma opção para executar uma simulação, e meu entendimento é que tal simulação permitirá que você saiba quais pacotes seriam instalados. No entanto, tanto quanto eu posso ver, auto-apt não irá dizer quais dependências já estão instaladas (porque você as instalou antes para algum outro software).
A maneira usual de fazer isso é começar com um chroot limpo / mínimo. Alternativamente, quando você construiu uma lista de dependências, verifique a exatidão da lista em um chroot limpo / mínimo. Existem ferramentas como schroot, sbuild, pbuilder, cowbuilder etc. que podem ajudar na criação e gerenciamento de um chroot.