Por que não usar
top -bd 5 -n 3 -p 'pidof init' >> /home/test/nik/myscriptoutput2
em vez de todo o seu script ...
No PHP você pode usar
<?php
$file = "/home/test/nik/myscriptoutput2";
$output = shell_exec('top -bd 5 -n 3 -p 'pidof init'');
file_put_contents($file, $output);
?>