Este não é o comportamento padrão. A menos que você tenha alterado algumas preferências, o nautilus deve atualizar a área de trabalho. Talvez o nautilus não estivesse rodando, por exemplo, caiu?
Da próxima vez que o mesmo acontecer, verifique se o nautilus está sendo executado usando o pgrep nautilus.
Além disso, não há necessidade de matá-lo de uma maneira tão brutal, apenas digite nautilus -q
.