Se o script PHP criar o arquivo no diretório atual, mude para o diretório de saída desejado:
*/45 * * * * cd /path/where/file/to/save && /path/to/php /path/to/file.php
Se o script PHP criar o arquivo em seu diretório pessoal, você poderá fingir que seu diretório pessoal está em outro lugar - mas se ele também tentar ler outros arquivos de seu diretório inicial, ele também lerá esses arquivos de outro lugar .
*/45 * * * * HOME=/path/where/file/to/save /path/to/php /path/to/file.php