A resposta exata depende do seu sistema de arquivos - mas, em resumo, seus dados são armazenados em blocos. Os metadados do seu sistema de arquivos contêm ponteiros para esses blocos. Tudo bem se esses blocos não forem consecutivos - se seus ponteiros bloquearem 3,4,5,6, não é diferente do que se eles apontarem para 3,28,110,45. É apenas o número de blocos que determina quanto espaço é ocupado.