Para ser honesto, a única diferença entre as várias versões do ubuntu e o kali linux são os programas pré-instalados e os que já estão configurados nos repositórios. Você pode facilmente instalar pacotes do ubuntu em kali (ou melhor, pacotes debian, que funcionam na maioria das distros baseadas no Debian) e o contrário.
Você pode querer adicionar repositórios do ubuntu ao kali, ou o contrário. Eu acho que isso foi um pouco mais simples quando o Kali ainda era backtrack, que é baseado diretamente no Ubuntu, se bem me lembro.
A única diferença funcional entre uma instalação usb (e eu quero dizer uma instalação completa, não apenas dd-ing o iso para o dispositivo usb) é a velocidade da interface USB versus a velocidade do disco rígido real. Embora os sticks usb sejam flash media e, portanto, não possuam as partes móveis de um disco rígido tradicional, os discos rígidos 'reais' geralmente transferem dados muito mais rapidamente pela interface sata.