Algum esclarecimento da questão pode ser necessário. O Rsync fará uma cópia do diretório de origem. Se você executar um rsync e alterar o destino, essas alterações serão sobrescritas durante o próximo rsync.
Se você estiver apenas procurando modificar a fonte, recomendamos que dê uma olhada nos backups incrementais com o rsync . Eu uso um script baseado neste método para executar backups incrementais do meu sistema. O que é legal sobre esse método é que você não precisa reconstruir seus arquivos (mesclando incremental e completo) ao restaurar arquivos.
Como esse método utiliza hard links, eu não recomendo modificar os arquivos de destino.