Isso já faz um backup completo. O conteúdo dos diretórios que são excluídos (como dev, run, etc) é criado em tempo de execução e não deve ser feito backup.
Copiar a pasta de inicialização não substituirá o setor de inicialização, portanto, tudo bem.
O uso do rsync aqui é o método correto, pois o rsync pode trabalhar dentro do mesmo sistema ou remotamente e também atualizará apenas os arquivos alterados, e não copiará tudo o tempo todo. Se você estiver executando este comando regularmente, você também pode querer adicionar '--delete' ao final do comando para que ele apague arquivos deletados do destino.
Além disso, você pode querer adicionar '-H' às opções de rsync para preservar links físicos.