Eu acho que você está misturando coisas chamadas tar-balls (quando se refere a várias pastas), com pacotes de instalação regulares (arquivos terminando em .deb no Debian / Ubuntu e em .rpm no Red Hat / Fedora / SuSE).
O primeiro é "apenas" uma estrutura de diretórios frequentemente compactada com alguma instrução (na forma de scripts, Makefiles, arquivos de configuração) para obter os arquivos instalados nos diretórios corretos em seu sistema após a descompactação. Isso tem a desvantagem de que muitas vezes é difícil reverter essa instalação.
Os pacotes de instalação ( .deb , .rpm ) têm, de maneira geral, informações adicionais sobre onde os arquivos estão instalados, para que possam ser desinstalados (também há scripts de pré-instalação e desinstalação para ações adicionais etc. .
As embalagens podem proceder diretamente da fonte, mas geralmente são baseadas nas bolas alcatroadas "mais primitivas". Existem muitas semelhanças que, para um grande subconjunto de pacotes em um formulário, podem ser convertidos para o outro usando o programa alien