Eu instalei o plugin pidgin-skype no primeiro passo.
sudo apt-get install pidgin-skype
Agora inicie o skype, configure sua conta do Skype no pidgin como você configuraria qualquer outra conta. Instalando a extensão do shell do gnome, você obtém o bom comportamento de empatia pelo pidgin e também pelo seu skypeaccount configurado (através do pidgin)!
Pidgin Conversation Integration