Você compilou da origem. Isso significa que o sistema de gerenciamento de pacotes do Ubuntu não sabe disso. Os gerenciadores de pacotes só conhecem os pacotes que foram instalados usando gerenciadores de pacotes (como apt e dpkg ). Além disso, quando um gerenciador de pacotes instala uma versão mais recente, ele desinstala versões mais antigas. Como o gerenciador de pacotes não instalou esta nova versão, segue-se que não terá instalado o seu original. Daí porque dpkg ainda mostra a versão mais antiga.
Se eu estivesse no seu lugar, eu executaria make uninstall na fonte para remover os arquivos. Então eu baixaria o pacote libusbx para o Ubuntu 14.04 e tentaria instalar isso manualmente. Se ele não reclamar sobre as dependências ausentes, espere que você não compile.
As versões devem ser compatíveis com versões anteriores, portanto, esperamos que a instalação de uma versão posterior não comprometa nenhum pacote instalado que já dependa do atual libusbx .
Se o acima não funcionar, considere a possibilidade de criar o pacote a partir do código-fonte. Esse processo cria um pacote deb para você, que você pode instalar com seus gerenciadores de pacotes normais. Feito desta maneira, o comando dpkg mostrará a versão mais recente e a versão mais antiga será removida.
Há uma boa pergunta sobre o Stack Stack que abrange esse processo aqui .