Isso depende do que você deseja fazer com o resultado.
Se o documento precisar permanecer no formato HTML, você precisaria usar um editor de HTML geral; não acredito que haja editores de HTML especializados em anotações.
Caso uma solução que não produza HTML possa resolver seu problema,
você pode importar o HTML para um processador de texto, como o Libreoffice Writer, e
anote esse documento.