Finalmente eu resolvi isso. Depois desta solução eu tive que reiniciar o PC .
Eu alterei meu arquivo eclipse.desktop para este:
[Desktop Entry]
Type=Application
Encoding=UTF-8
Name=Eclipse
Exec=bash -c "~/.eclipse/eclipseLaunch.sh; exec bash"
Icon=/home/martin/.eclipse/icon.xpm
Terminal=true
E eclipseLaunch.sh para isso:
#!/bin/bash
echo "Do you really want to launch Eclipse? (yes = y)"
read answer
if [[ "$answer" = "y" ]]; then
nohup ~/.eclipse/eclipse &
else
kill $PPID
fi