Sou usuário do Raspberry PI, não BBB, mas acho que nesse contexto é o mesmo. Se o dispositivo de armazenamento externo estiver funcionando, isto é, o kernel pode manipulá-lo, há energia suficiente etc. então você pode usar sistemas de arquivos como em outras plataformas de hardware. Eventualmente você deve verificar o arquivo / boot / config * se houver suporte para o sistema de arquivos desejado no kernel ou módulos.
Felicidades,