Se você tiver o diretório home do usuário do ftp apontado para um ponto de montagem no dispositivo usb e o cliente FTP estiver configurado para gravar no diretório padrão, os discos rígidos não serão utilizados para o armazenamento de arquivos. Você pode achar que as leituras e gravações são mais rápidas, mas tem sido a minha experiência que as unidades flash USB têm vida mais limitada que o seu disco rígido.
Pessoalmente, eu observaria o armazenamento SSD ou tiraria fotos com menos frequência (três por segundo parece muito) se essas forem preocupações sinceras.