mkswap praticamente é a versão do dispositivo de troca do que mkfs é para sistemas de arquivos.
Você quis perguntar algo como fsck para swap? Eu não acho que isso seria muito útil. Quando um dispositivo de troca é adicionado novamente após não estar em uso (digamos, após uma reinicialização), nenhum de seus conteúdos anteriores é preservado, diferentemente do que você esperaria de um sistema de arquivos. Portanto, não consigo pensar em nenhum motivo pelo qual você deseje verificar e reparar seu conteúdo anterior.
Concordo com slm que algo mais poderia estar acontecendo aqui porque nunca vi um swap corrompido dispositivo travar um kernel. É talvez tentar usar o seu dispositivo de swap para uma restauração de hibernação após a reinicialização?