Encontrou o problema. O problema é com o zip -r ~/export/"${studyinstanceuids[@]}"/20140620_"${studyinstanceuids[@]}".zip .
Eu preciso mudar para zip -r ~/export/"${studyinstanceuids[@]}"/20140620_"${studyinstanceuids[@]}".zip ~/export/"${studyinstanceuids[@}"/
O .
no final estava causando o problema.