Você não disse qual arquitetura é o processador, mas o fato de você acreditar que uma distribuição binária atual funcionará implica em ARM ou x86.
Se for esse o caso, você pode construir apenas o kernel a partir da fonte baunilha e usá-lo com qualquer distro que desejar. Você não está restrito a usar seus pacotes do kernel. Eu não acho que haverá muitos problemas, pois o 2.6 não é tão diferente do 3.x.
I'm open to a CentOS based solution as well.
O CentOS de fato ainda usa o 2.6 , como muito provavelmente o seu primo, Scientific Linux .