O problema foi o módulo demultiplexador GRE requerido pelo ip_gre. Quando o kernel carrega o driver demultiplexer GRE registra o protocolo 47, então quando o ip_gre.c tentou fazer o mesmo, ele falhou porque foi registrado antes. Isso é resolvido modificando ip_gre.c para não registrar o manipulador GRE do protocolo.