Não, isso tem a ver com a RAM. Confira a página da Wikipedia sobre o PAE (Extensão de Endereços Físicos) .
trecho
In computing, Physical Address Extension (PAE) is a feature to allow 32-bit x86 central processing units (CPUs) to access a physical address space (including random access memory and memory mapped devices) larger than 4 gigabytes.
Eu também descobri por que a Bohdi está exigindo que você tenha a capacidade de flag do PAE. Este comentário é do principal desenvolvedor da Bohdi.
excerto - Como instalar o Bodhi 2.1.0 no computador não-pae
Bodhi directly utilizes kernel builds from upstream Ubuntu - always have - always will. They are moving to PAE only, so are we. Meaning we will be building future kernel from here on out as Ubuntu does. Unless you feel you can do better, in which case Bodhi is a community project - patches are accepted. You feel something is lacking, contribute it.
If you want out 2.x.y base on a non-pae system do as ylee suggests - our point updates are rolling release, so you will get the same package versions from 2.0.1 updated as 2.1.0 updated would have.
~Jeff
Para depurar isso mais, preciso de mais informações sobre o hardware que você está tentando usar. Especificamente, qualquer número de produto (não apenas números de modelo), pois existe uma pequena diferença entre as duas placas. Também poderia ser uma mudança de modo em algum lugar que também configura isso no quadro.