Não sei se entendi o que você deseja, então responderei perguntas diferentes e separadas.
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Você está perguntando como consertar seu sistema, caso seu setor de inicialização seja corrompido? Se assim for, o utilitário ideal para você é Boot Repair , um utilitário conveniente baseado no Ubuntu. Tudo que você precisa fazer é colocar em um dispositivo USB uma imagem do Ubuntu (aquela que você baixar para instalar o Ubuntu), inicializar a partir do stick, escolha na tela apropriada "Tente Ubuntu sem instalá-lo", siga as instruções em a página da Web mencionada acima para fazer o download do Reparo de inicialização e executar o Reparo de inicialização usando as instruções padrão que, em minha experiência, normalmente são suficientes para resolver os problemas mais comuns. Por favor, note que o Ubuntu stick não mantém o pacote de boot-Repair (nem qualquer outro pacote, para essa questão), então, se você se deparar com o mesmo problema novamente, você terá que refazer os mesmos passos.
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Caso isso seja insuficiente, você pode ir para esta página Web de www.distrowatch.com que lista todas as distros úteis para o resgate do sistema. Há dez para escolher, a maioria das pessoas acha o SystemRescueCd especialmente útil, mas há outras opções.
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Por fim, há Remastersys , que é um utilitário fantástico, que pode, de acordo com a Wikipedia:
Remastersys is a free and open source program for Debian, Ubuntu-based, or derivative software systems that can: Create a customized Live CD/DVD (a remaster) of Debian and its derivatives. Back up an entire system, including user data, to an installable Live CD/DVD.
Você não deve se preocupar com o bit Live CD / DVD, porque é possível transformar uma imagem de Live CD / DVD em um stick inicializável, facilmente, veja aqui .
Agora, uma palavra sobre Remastersys. Está em fase de transição porque o seu criador, a Fragadelic, abandonou o seu desenvolvimento e recuperou-o novamente dentro de um projeto diferente. No entanto, por enquanto, você ainda pode encontrar os executáveis para aqui , enquanto detalhes sobre o estado do avanço do novo projeto podem ser encontrado aqui .
Lembre-se de que, ao decidir qual dessas soluções é a adequada para você, você pode postar neste mesmo fórum (mas com perguntas diferentes) todos os pedidos de esclarecimentos adicionais que você possa ter.