Se você ler muitos docs, o dnsmasq faz muito sentido.
Tudo pede a porta local 53 para resolução de nomes, o que significa que é efetivamente um proxy dns local. Então, quando você configura o DNS do seu sistema, ele encontra informações de consulta externas.
Você não configura o dnsmasq em /etc/resolv.conf. Há algo como 3 ou 5 arquivos para configurar para preencher o resolv.conf dinamicamente em tempo de execução.
Verifique o archwiki para obter detalhes (é o melhor recurso que encontrei para a configuração do dnsmasq), mas basta dizer que o dnsmasq é efetivamente um proxy dns local que permite centralizar o gerenciamento de outros aplicativos.
Digamos, por exemplo, que você queira configurar estaticamente dns seguros sobre SSL com o TCP. Você não precisa ter todos os aplicativos para compreendê-lo. Você só precisa obter o dnsmasq para entendê-lo. Então todos os aplicativos entendem magicamente.
Eu estava hesitante em gostar de dnsmasq por um tempo, mas agora eu entendo porque é uma ótima idéia.