Eu não posso dizer exatamente sobre o Windows 8, mas posso dizer algumas considerações gerais.
Antes de mais nada, quando o computador é iniciado, ele executa o código do BIOS (que é o sistema de inicialização antigo) ou o código EFI, que é o novo sistema. Existem também dois esquemas de particionamento: o antigo MBR one e o novo GPT one. Os casos EFI e GPT estão bem cobertos aqui e aqui .
Vou considerar o caso tradicional do BIOS / MBR.
Nesse caso, problemas com o Windows são:
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Os bootloaders do Windows (no caso do Windows7 era BOOTMGR) querem que as partições primárias contenham o código do kernel do Windows. Os bootloaders mais antigos do Windows também queriam a primeira partição primária para o Windows, mas esperamos que os mais novos não o façam. Os gerenciadores de inicialização do Linux podem carregar o SO a partir de partições lógicas dentro da partição estendida.
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Eles geralmente recomendam instalar o Windows primeiro no caso de sistema de inicialização dupla, porque, se você instalar o Windows em segundo lugar, o código do carregador de inicialização do Windows sobrescreverá o código do carregador de inicialização Linux no MBR. Alegadamente é muito mais fácil configurar o bootloader do Linux para carregar o Windows se você instalou o Linux em segundo lugar, configurar o bootloader do Windows para reconhecer o Linux, se o Windows foi instalado por último (e, AFAIK, o Windows sempre sobregrava o MBR lá).
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Eles dizem que os instaladores mais antigos do Windows eliminariam todo o disco (incluindo as partições do Linux) antes de criar partições para o Windows e instalá-lo. Espero que o Windows 8 não seja tão burro assim.