Cheguei à conclusão de que estou enfrentando esses problemas porque redimensionei a partição do Windows durante a instalação.
Eu finalmente tentei a segunda opção no menu. O Reparo Automático consertou a partição do meu Windows, mas deixou o grub e o linux intactos. Eu era capaz de carregar no windows depois disso. Então, para resumir: basta usar boot-repair para consertar seu grub. Em seguida, escolha o carregador UEFI e não se assuste com o Reparo Automático (é sempre bom fazer backup dos arquivos).