AFAICT, que o Glassfish Tools Bundle ao qual você está vinculado é a) apenas uma coleção do Eclipse 3.51 e Glassfish v3, b) compilada para 32 bits, ec) antiga.
Em vez de seguir instruções antigas que tenham pouco ou nenhum efeito nas distribuições atuais de 64 bits, por que não procurar por pacotes para o Eclipse e o Glassfish para o Fedora 16? Ou, se eles não estiverem disponíveis em qualquer lugar, tente pacotes para o Fedora 17 ou 18, baixe o SRPMS e faça backport para o Fedora 16 (isto é, compile os pacotes fonte no F16).
(não sou especialista em pacotes do Fedora, mas uma busca rápida no google me faz suspeitar que o glassfish v3 está disponível para o F18 mas não para o F16 ... então backportar o srpm seria uma opção viável).
Isso pode parecer muito trabalho, mas provavelmente será mais fácil e muito menos trabalhoso do que tentar obter instruções antigas para binários estrangeiros de 32 bits (ou seja, não-Fedora) trabalhando no F16. Mais importante, ele será muito menos frágil, sendo compilado para o ambiente exato em que você está usando, portanto, é menos provável que ele interrompa qualquer atualização futura.
BTW, como regra geral, se você estiver usando uma distribuição gerenciada por pacotes como o Fedora (ou RHEL, Centos, Debian, Ubuntu e outros), é uma boa idéia visualizar qualquer página da Web que forneça instruções para instalar comece algo como "baixe este tarball binário deste local" ou até mesmo "baixe a fonte ..." com profunda desconfiança. É quase certamente desatualizado e / ou escrito por alguém que não tem a menor idéia de como os gerenciadores de pacotes trabalham e não entendem a bagunça que pode ser causada por contorná-los ... muitas vezes por um programador que apenas quer trabalhando AGORA (porque eles têm um trabalho urgente que precisa ser feito) e não quer pensar em como isso pode acontecer no futuro.
Os gerentes de pacotes não são um obstáculo a ser contornado, eles são uma ferramenta valiosa para ajudá-lo a gerenciar seu (s) sistema (s) ... e quanto mais programas você trabalha, e quanto mais sistemas você cuida, mais valioso a ferramenta se torna.
Às vezes não há outra escolha a não ser sair do gerenciador de pacotes .... mas isso deve sempre ser o último recurso (depois do backporting e até mesmo tentar construir seus próprios pacotes já falhou) .... e mesmo quando é inevitavelmente necessário, você deve usar algo como guardar para gerenciar a instalação em / usr / local.