Pode ser que a interface gráfica do gerenciador de pacotes esteja com bugs. Infelizmente isso acontece com relativa frequência com essas GUIs. Outra causa pode ter sido a simples execução de uma tarefa intensiva de CPU - sua terceira captura de tela sugere que o initramfs estava sendo criado, o que pode ser o "culpado" dessa atualização em particular. Se a mesma coisa acontecer no futuro, tente usar uma ferramenta de linha de comando e compare os resultados.