Trabalho simples ao redor
Faça o trabalho no Ubuntu (não no diretório compartilhado) e mova os arquivos manualmente entre os sistemas, usando o diretório compartilhado.
Melhor solução (eu fiz isso quando tive problema semelhante / igual)
Use o mercurial: é uma ferramenta de controle de revisão (você deve usar um desses de qualquer maneira). Use-o para sincronizar seu trabalho com o bitbucker e com qualquer outro computador / host.