Se você tem uma GPU da Nvidia, tente desabilitar a opção OpenGL "Allow Flipping", isso faz com que, pelo menos para mim, ele faça
Estou usando o seguinte comando para capturar minha tela: ffmpeg -f x11grab -video_size 1920x1080 -i :0.0+1920,0 -c:v libx264 artifact-test.mkv
O vídeo resultante contém artefatos de cintilação que parecem um pouco com partes da imagem de fundo que aparecem em primeiro plano por alguns milissegundos: link
O vídeo foi gravado diretamente após uma reinicialização com apenas um texteditor (Kate) rodando. Os artefatos também ocorrem ao gravar a tela sem um aplicativo em execução, mas são mais difíceis de perceber.
Estou usando o Manjaro Linux com:
E a seguinte instalação do ffmpeg:
ffmpeg version n4.1 Copyright (c) 2000-2018 the FFmpeg developers
built with gcc 8.2.1 (GCC) 20180831
configuration: --prefix=/usr --disable-debug --disable-static --disable-stripping --enable-fontconfig --enable-gmp --enable-gnutls --enable-gpl --enable-ladspa --enable-libaom --enable-libass --enable-libbluray --enable-libdrm --enable-libfreetype --enable-libfribidi --enable-libgsm --enable-libiec61883 --enable-libjack --enable-libmodplug --enable-libmp3lame --enable-libopencore_amrnb --enable-libopencore_amrwb --enable-libopenjpeg --enable-libopus --enable-libpulse --enable-libsoxr --enable-libspeex --enable-libssh --enable-libtheora --enable-libv4l2 --enable-libvidstab --enable-libvorbis --enable-libvpx --enable-libwebp --enable-libx264 --enable-libx265 --enable-libxcb --enable-libxml2 --enable-libxvid --enable-nvdec --enable-nvenc --enable-omx --enable-shared --enable-version3
libavutil 56. 22.100 / 56. 22.100
libavcodec 58. 35.100 / 58. 35.100
libavformat 58. 20.100 / 58. 20.100
libavdevice 58. 5.100 / 58. 5.100
libavfilter 7. 40.101 / 7. 40.101
libswscale 5. 3.100 / 5. 3.100
libswresample 3. 3.100 / 3. 3.100
libpostproc 55. 3.100 / 55. 3.100
Se você tem uma GPU da Nvidia, tente desabilitar a opção OpenGL "Allow Flipping", isso faz com que, pelo menos para mim, ele faça