Link simbólico: todos os programas “pensam” que o caminho de destino foi inserido diretamente

Question

(Linux Mint, 18.3, baseado no Ubuntu 16.mumble)

TL; DR

Eu quero que os aplicativos abram um caminho de link simbólico e não "saibam" que é um link simbólico, mas acredito que abri o diretório de destino diretamente.

Wordy:

Dados os seguintes diretórios, arquivo e link simbólico:

/workspace/project/
/workspace/project/myfile
/home/me/project -> /workspace/project

e dentro do aplicativo "someApp" eu escolho abrir:

/home/me/project/myfile

... todos os aplicativos parecem acreditar que myfile está realmente dentro do diretório /home/me/project . A maioria das pessoas, inclusive eu, esperaria isso.

No entanto, isso é um problema para aplicativos como Intellij IDEA, que usam esse diretório para as informações internas do projeto. Se eu algum dia abrir (diretamente, não usando o symlink)

/workspace/project/myfile

... as configurações internas ficam confusas porque as coisas não correspondem mais ao diretório original (aquele com o link simbólico).

Existe uma configuração de permissão, ou alguma outra maneira de dizer que um link simbólico para todos os aplicativos "me considera como se eu fosse um caminho não vinculado"?

IOW, quero abrir o caminho do symlink e fazer com que o aplicativo não saiba nada além do diretório de destino.