Acho que encontrei a solução. Formate o disco rígido como ext4 com a contagem de inode definida para o mínimo, que é 128 e o tamanho máximo de byte por inode no máximo, que é 67108864 (libera 1,6%):
mkfs.ext4 -F -L '[Label]' '/dev/sd[X]' -I 128 -i 67108864
Uma vez formatado, removi o espaço reservado do sistema (libera 5%):
sudo tune2fs -m 0 /dev/sd[X]
Seguido pela desativação do diário para melhorar a velocidade de gravação (necessária para plotagem):
sudo tune2fs -O ^has_journal /dev/sd[X]
Substitua [X] pela letra da unidade de disco rígido.
Isso fez com que o uso do disco, uma vez montado, mostrasse 0% de total e, até onde eu sei, suporta o tamanho total do arquivo da unidade.