Você deseja pane-active-border-style e pane-border-style :
Veja a entrada na página man :
pane-active-border-style style
Set the pane border style for the currently active pane. For how to specify style, see the message-command-style option. Attributes are ignored.
pane-border-style style
Set the pane border style for pane as aside from the active pane. For how to specify style, see the message-command-style option. Attributes are ignored.
Então, no seu ~/.tmux.conf você pode especificar cores assim:
# border colours
set -g pane-border-style fg=magenta
set -g pane-active-border-style fg=magenta
set -g pane-active-border-style bg=default
Note, eu uso o tmux 1.9a, e acho que obtenho um comportamento mais consistente usando:
set -g pane-border-fg magenta
set -g pane-active-border-fg green
set -g pane-active-border-bg default