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Você sabe onde sua partição ext4 começa. Vamos dizer, é $ offset em bytes. Divide por 512 (assumindo setores padrão de 512 bytes). Agora você tem a partição começar como setor. Vamos chamar isso de $ start.
Além disso, suponho que sua única partição ext4 não se estenda até os últimos 34 setores do disco (é onde a GPT secundária está localizada).
Enquanto essas suposições estiverem corretas, você poderá substituir com segurança o GPT com dados adequados.
Você pode usar gdisk e inserir o para criar uma nova tabela de partição GUID vazia, n para adicionar uma nova partição,% 1 a primeira (e somente) partição,
$start o início calculado anteriormente (em setores, 2048 é o padrão, a propósito), ⏎ (uma linha vazia) para definir o fim da partição no final do disco ( ajuste conforme necessário), ⏎ para aceitar o tipo de sistema de arquivos 0x8300 "Linux", w para escrever e sair.
Boa sorte.