O sinalizador de inicialização é dos tempos antigos, em que você indicaria um registro de partição MBR como inicializável, para poder indicar onde o carregador de boot residia.
Em sistemas operacionais modernos, isso é amplamente utilizado, já que o MBR consiste em um loader de estágio mínimo que é inicializado em sua própria partição ou pula para outra área no disco onde o código do carregador de boot é mantido. (Um MBR pode conter código executável ou a tabela de partições de inicialização, entre outras coisas. Veja também este link para um artigo sobre o MBR ).
Como exemplo, o GRUB é escrito no MBR e inicializa qualquer partição que você escolher.
Veja também esta (bastante pequena) página da Wikipédia sobre o sinalizador de inicialização: en.wikipedia.org/wiki/Boot_flag