Como um palpite, o Windows viu uma alteração de hardware, fez uma varredura e reverteu sua configuração de bootloader.
Já tentou # bootctl --path=esp install
(por sua configuração inicial) novamente? Você verificou as pastas do efi e certificou-se de que a entrada do Arch estava lá?
Resposta da nota:
What do bootctl and bootctl list say? Maybe the EFI variables have been overwritten. What does efibootmgr print? – Johan Myréen 2 days ago